1942 wurde der Turm mit einem dunkelgrün und bräunlich melierten Tarnanstrich überzogen, um bei Luftangriffen kein Ziel darzustellen. Am 14. April 1945 explodierte eine Luftmine in unmittelbarer Nähe. Es brach ein Feuer im Einsteinturm aus, das durch einen Mitarbeiter vom AOPAstrophysikalisches Observatorium Potsdam/AOP, Gründung 1874 zur systematischen Erforschung der chemischen Zusammensetzung und physikalischen Zustände von Himmelskörpern mittels der gerade entdeckten Spektralanalyse. 1879 Fertigstellung des Hauptgebäudes auf dem Telegrafenberg in Potsdam. Nach dem 2. Weltkrieg von der Deutschen Akademie der Wissenschaften zu Berlin übernommen und 1969 zum Zentralinstitut für Astrophysik der DDR gemacht. Vorgänger-Institution des Leibniz-Instituts für Astrophysik Potsdam (AIP). gelöscht wurde, der in Bombennächten im Turm übernachtete. Auch die Druckwelle der Bombe beschädigte den Einsteinturm. Die Kuppel wurde zu zwei Dritteln zerstört. Die Fensterflügel waren herausgerissen. Es gab Splitterlöcher in der Terrasse und auf der Nordseite des Turms. Die elektrischen Leitungen waren beschädigt. Allerdings hielt die Statik des Turms der Druckwelle stand, was die Untersuchung des Turms 1995 vor der großen Instandsetzung bestätigte.
Die Kuppel wurde nach Kriegsende behelfsmäßig erneuert, sodass Anfang Oktober 1945 die Arbeit wieder aufgenommen wurde. Anlässlich des 250-jährigen Jubiläums der Deutschen Akademie der Wissenschaften der DDR im Jahr 1950 wurde der Bau grundlegend instand gesetzt. Damals wurde wahrscheinlich auch die originale Terrassentreppe durch eine neue, schlichtere Betontreppe ersetzt und die Terrasse abgedichtet. Außerdem wurde die bis dahin immer noch mit Resten des Tarnanstrichs aus dem Krieg befleckte Fassade in einem gebrochenen Weiß mit Gelbstich gestrichen. Benutzt wurde eine Wachsfarbe, von der man sich wasserabweisende Wirkung versprach. Schon zwei Jahre später zeigten sich jedoch erneut Putzschäden und Durchfeuchtungen der Wände.
1952 schlitzte man die Turmwände unterhalb der Wasserspeier in einer Tiefe von 20 cm und einer Breite von 25 cm auf und verlegte den Wasserablauf in die Wand, was die Wasserspeier nutzlos machte. Die Aufschlitzung führte zu Kältebrücken im Mauerwerk, weshalb diese Maßnahme bei der Instandsetzung 1999 rückgängig gemacht wurde.
1953 wurde eine neue Kuppel von Zeiss-Jena aufgesetzt. Um eine zu große Erwärmung des Kuppelbereichs und damit Messungenauigkeiten zu vermeiden, wurde die Kuppel mit Aluminiumfarbe gestrichen, nachdem sie mit einer bitumenhaltigen Pappe eingedeckt wurde. Zu dieser Zeit wurden die Silberspiegel des CoelostatenEin Coelostat oder Zölostat besteht in der Regel aus zwei Spiegeln, die so angeordnet sind, dass man mit einem feststehenden Teleskop (z.B. einem Turmteleskop) der Bewegung von Himmelskörpern über den ganzen Tages- bzw. Nachtverlauf folgen kann. durch Aluminium-Spiegel ersetzt.
Louise MendelsohnLuise Mendelsohn, geb. Maas (1894–1980), Cello-Studium in London, Leipzig und Berlin. Lernte 1910 Erich Mendelsohn kennen, Hochzeit 1915. 1916 Geburt der Tochter Marie Luise Esther. Aufgabe der musikalischen Karriere und Unterstützung Erichs nach Gründung des eigenen Büros. Viele Aufträge Erichs, u.a. für den Einsteinturm, gehen auf Luises Netzwerk zurück. Auch nachdem die Familie Mendelsohn von den Nazis aus Deutschland vertrieben wurde, sicherte Luise ihrem Mann viele neue Aufträge. Nach Erichs Tod ordnete sie seinen Nachlass. berichtete von einem Besuch in Potsdam im August 1964, dass sie den Turm in makellosem Zustand vorgefunden habe, nachdem er wohl im selben Jahr renoviert wurde.